نقش کریسپر در متاژنومیکس

آرکی ویروس ها شکل های عجیب و غریبی دارند مثلا ABV ویروس ها شبیه ساختار بطری هستند یا ATVها ساختار لیمویی شکل دارند که از دو طرف آن ها دمی خارج شده است

کریسپر و متاژنومیکس

این دفعه میخوام نقش کریسپرها را در متاژنومیکس برای شما توضیح بدیم، که برای خودم خیلی خیلی جالب بود :

یکی از روش های نوین بررسی ژنوم آرکی ویروس ها و تنوع آن در متاژنومیکس از طریق کریسپر می باشد. اما چطور؟

مقدمه :

تقریبا تا حالا 60تا ویروس ترموفیل براساس مورفولوژی و ویژگی های ژنتیکی آن ها شناسایی شده که در 9 تا خانواده دسته بندی می شوند.

آرکی ویروس ها شکل های عجیب و غریبی دارند مثلا ABV ویروس ها شبیه ساختار بطری هستند یا ATVها ساختار لیمویی شکل دارند که از دو طرف آن ها دمی خارج شده است
آرکی ویروس ها شکل های عجیب و غریبی دارند مثلا ABV ویروس ها شبیه ساختار بطری هستند یا ATVها ساختار لیمویی شکل دارند که از دو طرف آن ها دمی خارج شده است

بر طبق گزارش آقای Snyder تا سال 2010 فقط یک دهم تا یک صدم درصد ویروس های که در محل های ترموفیل و اسیدیتیه زندگی می کنند جداسازی شده اند که آن هم محدود بر روش های کشت بوده است. حدود دوسوم از این ترموفیلیک ویروس ها دمای مناسب رشدشون بین 75 تا 100 درجه می باشد و یک سوم باقی مانده دمای مناسب رشدشون زیر 75 درجه سانتیگراد می باشد. در دریچه های هیدروترمال کف اقیانوس ها آرکی باکتری ها با آرکی ویروس ها با هم در ارتباط هستند.

نتایج متاژنومیکس 10 تا دریچه های هیدروترمال کف اقیانوس ها
نتایج متاژنومیکس 10 تا دریچه های هیدروترمال کف اقیانوس ها

در واقع وجود آرکی ویروس ها به نوعی به این آرکی باکتری ها وابسته می باشد. اکثر آرکی باکتری ها دارای لوکوس کریسپر می باشد که سیستم دفاعی آن ها برای مقابله با ویروس ها می باشد. وقتی این آرکی باکتری با آرکی ویروس ها مواجه می شوند به وسیله سیستم ایمنی خود یعنی کریسپر قسمتی از توالی آرکی ویروس را تحت عنوان spacer وارد ژنوم خود می کند که این تکه به عنوان یک خاطره (memory) عمل می کند. پس این توالی های spacer در آرکی ویروس منشا ویروسی دارند.

ما می توانیم این توالی های spacer را از آرکی باکترها جدا بکنیم یا به وسیله ی PCR آن ها را سنتز بکنیم سپس از آن به عنوان یک پروب برای شناسایی ویروس های ناشناخته و اندازه گیری جمعیت ویروس ها استفاده بکنیم.

نتیجه :

این تحقیقات که بروی متاژنوم 6تا دریچه هیدروترمال در کف اقیانوس ها انجام شد منجر به تشخیص 10 ژنوم ویروسی کامل برای اولین بار شد و صدها لوکوس کریسپر جدید شناسایی شد.

 

نویسنده : سعید کارگر

 منبع :

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26439881

عضویت در کانال تلگرامی بیوتکنولوژی

همچنین شاید مطالب زیر مورد پسندتان باشد...

2 comments

افزودن یک دیدگاه

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *