رفع اشکال الکتروفورز آگارز

رفع اشکال الکتروفورز آگارزمشکلات الکتروفورز DNA و دلایل احتمالی آن ها

مشکل: شدت پایین همه یا تعدادی از باندهای DNA

دلایل احتمالی:‌

  • بارگذاری مقدار کم DNA Ladder
  • رنگ آمیزی ناکافی و یا ناهمگون
  • خارج شدن DNA از ژل
  • نفوذ و پخش شدن DNA در ژل
  • پوشیده شدن DNA توسط رنگ های مورد استفاده در رنگ آمیزی

مشکل:‌ الگوهای باند غیر معمول

دلایل احتمالی:

  • قبل از باگیری DNA مارکر گرم نشد.
  • دناتوره شدن DNA
  • شرایط بارگیری متفاوت برای نمونه DNA و مارکر DNA
  • شرایط نا مناسب الکتروفورز
  • استفاده از درصد ناصحیح ژل و یا بافر
  • مهاجرت غیر معمول به دلیل توالی ها و یا ساختارهای مختلف DNA
  • اثر GEL SHIFT
  • غلظت بالای نمک در نمونه ها

مشکل: اسمیر شدن باندها

دلایل احتمالی:

  • تجزیه شدن DNA توسط نوکلئازها
  • شرایط نا مناسب الکتروفورز
  • اثر GEL SHIFT
  • بارگزاری بیش از اندازه DNA
  • غلظت بالای نمک در نمونه
  • شکل­گیری نامناسب چاهک های ژل

مشکل:‌ باندهای منحنی شکل DNA

دلایل احتمالی:‌

  • ژل به طور کامل در بافر الکتروفورز قرار نگرفته است.
  • حجم نمونه ها کم می باشد.
  • شرایط عمل الکتروفورز نامناسب است.
  • حباب ها و یا ذرات بزرگی در چاهک های ژل و یا خود ژل موجود می باشند.

مشکل:‌ باقی ماندن DNA در چاهک

دلایل احتمالی:

  • شکل گیری نا مناسب چاهک های ژل
  • بارگیری بیش از اندازه DNA
  • آلوده شدن نمونه DNA
  • اثر GEL SHIFT

مشکل:‌ تعیین مقدار غلظ

دلایل احتمالی:‌

  • شرایط بارگیری متفاوت بین مارکر DNA و نمونه ها
  • تعیین باند غلظ مارکر برای تعیین مقدار نمونه
  • استفاده از روش تعیین مقدار نامناسب
  • رنگ امیزی ناهمگون ژل و نیز رنگ شدن پس زمینه نیز می تواند بر نتایج تعیین مقدار ژل اثر بگذارد.
  • پوشیده شدن DNA توسط رنگ های مسیریابی

مطالب مرتبط با آگارز ژل آلکتروفورز

پاسخ دهید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *